Σε εξέλιξη βρίσκεται η δίκη για κατηγορίες για σωματικές και ψυχολογικές κακοποιήσεις παιδιών σε διάφορες δομές της Κιβωτού του Κόσμου όταν σε αυτή ηγούνταν ο πατέρας Αντώνιος, με την εισαγγελέα του Τριμελούς Πλημμελειοδικείου Αθηνών να ζητά να κριθεί ένοχος για περιστατικά κακοποιητικών συμπεριφορών στην Κιβωτό του Κόσμου.
Ειδικότερα, η εισαγγελέας πρότεινε την ενοχή του πατέρα Αντωνίου για ηθική και αυτουργία κατά περίπτωση για πλημμεληματικές πράξεις που σχετίζονται με σωματικές βλάβες. «Ο πατέρας Αντώνιος γνώριζε τι συνέβαινε στην οργάνωση, συμμετείχε ενεργά στις αποφάσεις αναφορικά με τις πράξεις των κατηγορουμένων πρώην εργαζομένων, οι οποίοι τιμωρούσαν αλλά και επιτίθονταν σωματικά στους φιλοξενούμενους ανήλικους» τόνισε.
Επιπλέον, προτάθηκε η ενοχή για βαριά σωματική βλάβη σε βάρος τροφίμων στην σε δομές του Βόλου, αλλά και για την ηθική αυτουργία σε ξυλοδαρμούς και τιμωρίες, όπως καταγγέλθηκαν από ανήλικους σε δομές του Βόλου και της Χίου.
Ενώ, αντίθετα, η εισαγγελέας του Τριμελούς Πλημμελειοδικείου Αθηνών ζήτησε την πλήρη απαλλαγή για δύο κατηγορουμένους.
Απαλλακτική ήταν η πρόταση για σειρά επιμέρους πράξεων για τις οποίες κατηγορήθηκαν και οι οκτώ εργαζόμενοι, όπως για τις χειρωνακτικές αγροτικές εργασίες στις οποίες επιδίδονταν οι ανήλικοι τρόφιμοι στις δομές της Κιβωτού του Κόσμου.
