O πατέρας Αντώνιος διώκεται ποινικά, για αδικήματα κακουργηματικού χαρακτήρα, από την Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών.
Ειδικότερα, κατηγορείται για για κατάχρηση ανηλίκων σε ασέλγεια κατά συρροή και κατ΄ εξακολούθηση ενός 19χρονου πρώην τρόφιμου της Κιβωτού και ενός 15χρονου που φιλοξενείται ακόμη σε δομή της οργάνωσης, μετά τις καταγγελίες που έχουν δει το φως της δημοσιότητας για την Κιβωτό του Κόσμου.
Οι ασελγείς πράξεις φέρεται να έλαβαν χώρα από το Σεπτέμβριο του 2020 έως τον Ιανουάριο του 2022.
Σε βάρος του ιδρυτή της Οργάνωσης ασκήθηκε ποινική δίωξη και για σειρά πλημμελημάτων, δηλαδή για ηθική αυτουργία σε:
- βαριά σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροή
- επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροή
- απλή σωματική βλάβη κατά συρροή
- απειλή σε βάρος ανηλίκων κατά συρροή
- έκθεση ανηλίκων σε κίνδυνο κατά συρροή.
Η δικογραφία που αφορά στην κακουργηματική κατηγορία διαβιβάστηκε ήδη στην ανάκριση, όπου θα παραπεμφθεί ο ίδιος για να απολογηθεί το επόμενο διάστημα.
Επίσης ασκήθηκαν διώξεις σε βάρος ακόμη 7 εργαζόμενων της δομής.
